原本打算與菲律賓共同調查的愿望落空，在返臺前，調查小組在菲召開記者會。會上，臺相關部門負責人陳文琪仍堅持共同調查，否則菲單方面的調查結果難以令人信服。

　　陳文琪說：“如果臺菲雙方沒有共同組成一個調查小組，這個事實的真相是各說各話的，我們不容許菲律賓方面刻意地隱瞞或者是掩蓋事實的真相。”

　　讓調查小組更生氣的是，菲律賓官方聲稱，事發過程有錄音錄像，卻遲遲不公布，還指稱臺灣漁民是“壞人”。這一用詞被陳文琪認為是惡意指責，在沒有證據的情況下用這一詞，有掩飾自己錯誤之嫌。

　　17日，涉嫌槍殺臺灣漁民的11名菲律賓海巡署人員前往菲律賓國家調查局接受調查。然而，海岸警衛隊提交國家調查局的報告中稱，臺灣漁船越界捕魚又拒捕，并意圖開船撞向海防隊的船只，海防隊才被迫向漁船引擎開槍，結果誤殺了臺灣漁民。這一報告再次激發臺灣方面的強烈抗議，臺外事部門負責人林永樂對菲律賓敷衍式的道歉和態度表示無法接受。

　　臺灣地區領導人馬英九更是憤怒，稱菲律賓是“冷血的謀殺”，并表示，在必要情況下，臺灣或向菲律賓進行第三輪制裁。

　　“如果公務船用這種武器去掃射沒有武裝也沒有挑釁的漁船，那已經不是執行公務了，那是冷血的謀殺，在任何情況下都不能夠以武力來對付沒有武裝而且是沒有挑釁的人或者是船。”馬英九說。