1894年4月14日，日本內務省指令沖繩縣就以下內容進行調查：“該島港灣之形狀；未來有無物產及土地開拓的可能；舊記口碑等有無記載我國所屬之證據及其與宮古、八重山島之歷史關系。”日本政府顯然希望能發掘出哪怕是一星半點有利于其占據釣魚島的證據。遺憾的是，沖繩縣于5月12日回復內務省，表示“沒有關于該島之舊時記錄文書以及顯示屬我國領有的文字或口頭傳說的證據。”從內務省指令調查到沖繩縣作出回復，經歷了近一個月的時間。可以想見，沖繩縣的回復決不可能是草率作出的，必是經過了仔細的調查考證。無奈，實在找不出任何的文字或哪怕是口頭的傳說，只得如實上報。僅此一則史料，便可明確斷定，在此前漫長的歷史時期內，釣魚島與琉球實在是扯不上任何關系。

　　同年7月，日本發動甲午戰爭。數月間，清軍不斷敗退，至年底時敗局已定。利用中日處于戰爭狀態且中國軍隊已呈敗勢的有利時機，日本政府決定將釣魚島納入其版圖一事提上議事日程，因為此時已完全不必擔心清政府的反應了。12月27日，日本內務大臣野村靖致函外務大臣陸奧宗光，判斷“今昔形勢已殊”，提議日本內閣會議討論在釣魚島建立國標、將其納入日本版圖一事。1895年1月14日，日本內閣通過秘密決議，將釣魚島“編入”沖繩縣管轄。

　　值得注意的是，甲午戰后，日本強迫中國簽訂了《馬關條約》，割取了“臺灣全島及所有附屬各島嶼”。但在《馬關條約》及相關附件中，并未明確臺灣附屬各島究竟包括那些島嶼，既沒有具體明列各附屬島名的割讓清單，也沒有標識割讓各島的地圖。在一般的領土問題的談判中，對割讓領土的明確列舉及地圖標識是不可或缺的文件。但《馬關條約》只是一句籠統的割讓“臺灣全島及所有附屬各島嶼”。這是一個很奇特的現象。

　　采用如此籠統而含糊的表述，可以說是日本政府一手造成的。

　　其一，在《馬關條約》的談判中，日方一再壓迫縮短臺灣交割的時間。清政府代表李鴻章多次表示，臺灣交割牽涉很多，事件紛繁，換約后需6個月才可交割清楚，并要求日方派人與臺灣巡撫會商，辦理交割手續。但日本政府代表伊藤博文強勢拒絕，要求大大縮短交割期限。最后《馬關條約》規定，換約后兩個月內雙方各派大員完成交接手續。交割時間既緊，又將熟悉臺灣事務的臺灣官員排除在外，這就為日本的操作提供了空間。

　　其二，清政府交接代表李經方在交接談判中，曾經提請日方注意，“所謂臺灣附屬島嶼，其島嶼之名稱，有無列舉于目錄中之必要？因為在和平條約中，澎湖列島之區域，已經緯度明定有案，但關于臺灣所屬島嶼并未明定其區域”。此時，李經方尚未預想到其他問題，他主要是擔心，如果臺灣附屬島嶼不明確列舉，日后中日有在福建沿海島嶼的歸屬問題上發生糾紛的可能。但日方不贊成采取列舉法，日方代表水野遵表示，如果采取列記島嶼名稱的辦法，難免會出現遺漏或碰到無名島之事，“若有脫漏者，或無名島之類，將致不屬于任何政府之所領。乃為不合理之一點。”水野遵保證，以后日本政府絕不會將福建省附近的島嶼主張為臺灣所屬島嶼，并稱李經方的擔心“自屬杞憂”。這樣，臺灣及附屬島嶼的割讓便采取了極為模糊的表述。