日本政府在處理釣魚島問題上的“高明”之處在于：它利用清軍戰敗之際，在馬關條約訂立之前悄悄將釣魚島編入沖繩；在公開的條約中，又采用割讓“臺灣全島及所有附屬島嶼”的模糊表述，使清政府官員產生臺灣所有附屬島嶼已盡數割讓的理解，使釣魚島的主權轉移不引起任何人的關注。這樣，中國無從發現和抗議，而日本日后也可以聲稱，釣魚島非因馬關條約而割取。

　　由于《馬關條約》表述上的含糊性，臺灣附屬島嶼是否包括釣魚島，成為日方拿來作文章的問題。顯而易見，既然釣魚島此前在中國政府管轄之下，而日本在訂約前數月悄悄占有釣魚島并未告知中方，釣魚島當然包括在被割讓的臺灣附屬島嶼中。無疑，釣魚島應歸還中國，中國對日宣戰、《開羅宣言》、《波茨坦公告》及日本對實施《波茨坦公告》的承諾構成了一個必須歸還的清楚的邏輯鏈條。而日方稱釣魚島在1895年1月已編入沖繩領土，同年4月簽署的《馬關條約》不包括釣魚島。日方這一主張是否就意味著日本可以合法占有釣魚島呢？其實不然。筆者以為，即使對《馬關條約》作一片面解釋，日本利用中國戰敗之際無力它顧之時竊取釣魚島，也是無可改變的事實。釣魚島納入日本版圖與甲午戰爭的關聯，是一個明明白白的客觀事實，當時的日本人也是承認這一關聯的。曾申請開發釣魚島的古賀辰四郎便這樣寫道，“正值明治27、28年戰役終局，皇國大捷，其結果臺灣島歸入帝國版圖，尖閣列島亦為我所屬”。可見，釣魚島的主權變化完全是日本陰謀竊取在先，又通過不平等條約強占在后的結果。

　　因此，無論對《馬關條約》作何種解釋，我們都可以這樣說：臺灣及澎湖列島系日本通過《馬關條約》明文割取，而釣魚島或是通過《馬關條約》的含糊表述而竊取，或是通過日本單方面的內閣決議而竊取，而無論是哪一種，日本系通過甲午戰爭而竊取釣魚島的事實是無可爭議的。結論只有一個：日本企圖繼續占有釣魚島不存在任何合法性。